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PangenomeTIGR4
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NCBI: 06-FEB-2015
⊟Summary[edit | edit source]
- organism: Streptococcus pneumoniae ATCC 700669
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- pan locus tag?: PNEUPAN003229000
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- synonym:
- product: cell wall surface anchored protein
⊟Genome View[edit | edit source]
⊟Gene[edit | edit source]
⊟General[edit | edit source]
- type: CDS
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⊟Accession numbers[edit | edit source]
- Location: FM211187 (1721443..1734744) NCBI
- BioCyc: see SPN23F_RS12555
- MicrobesOnline: 5831593 MicrobesOnline
- PneumoBrowse for strain D39V:
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⊟DNA sequence[edit | edit source]
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TCAGCTTCAGCAAGCACCTCAGCATCTGAATCAGCGTCAACCAGTGCGTCTGAGTCAGCA
TCAACGAGTGCATCAGCTTCAGCGTCAACCAGCGCCTCGGCCTCAGCATCAACAAGTGCT
TCAGTCTCAGCGTCAACCAGTGCCTCTGAATCCGCATCAACCAGTGCCTCGGCTTCAGCA
AGCACCAGTGCGTCAGCTTCCGCATCAACGAGTGCGTCGGCTTCAGCGTCAACCAGCGCC
TCAGCCTCAGCAAGTACAAGTGCATCAGAGTCAGCAAGTACCAGTGCCTCTGAATCCGCA
TCAACCAGTGCCTCGGCCTCAGCAAGCACAAGTGCGTCTGAATCCGCATCAACCAGTGCC
TCTGAATCGGCATCAACCAGTGCGTCAGCATCCGCATCAACAAGTGCTTCAGCCTCAGCC
TCAACGAGTGCGTCAGCTTCAGCATCAACAAGTGCTTCAGCCTCAGCAAGTACTAGCGCC
TCAGCATCAGCCTCAACAAGTGCTTCAGCTTCAGCGTCAACGAGTGCTTCGGCTTCAGTA
TCTGCAAGCACATCAGCATCTGAATCCGCATCAACAAGTGCCTCAGCCTCAGCTTTAGCA
AGCACAAGCGCCTCAGCTTCAGCAAGTACATCAGTTTCAAATTCAGCAAACCATTCGAAC
TCACAAGTTGGAAATACTTCTGGATCGACAGGTAAATCCCAAAAAGAATTGCCTAATACA
GGTACTGAGTCGTCAATTGGATCTGTGTTACTTGGAGTTCTAGCAGCTGTTACAGGTATT
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⊟Protein[edit | edit source]
⊟General[edit | edit source]
- locus tag: SPN23F17820 [new locus tag: SPN23F_RS12555 ]
- symbol: PsrP
- description: cell wall surface anchored protein
- length: 4433
- theoretical pI: 3.83125
- theoretical MW: 383913
- GRAVY: 0.037875
⊟Function[edit | edit source]
- TIGRFAM: serine-rich repeat adhesion glycoprotein (TIGR04224; HMM-score: 36.6)Cell envelope Other LPXTG cell wall anchor domain (TIGR01167; HMM-score: 30.7)
- TheSEED :
- Flagellar hook-length control protein FliK
- PFAM: no clan defined Gram_pos_anchor; LPXTG cell wall anchor motif (PF00746; HMM-score: 49.8)
⊟Structure, modifications & cofactors[edit | edit source]
- domains:
- modifications:
- cofactors:
- effectors:
⊟Localization[edit | edit source]
- PSORTb: Cellwall
- Cytoplasmic Score: 0
- Cytoplasmic Membrane Score: 0
- Cellwall Score: 10
- Extracellular Score: 0
- Internal Helices: 2
- DeepLocPro: Cell wall & surface
- Cytoplasmic Score: 0.0006
- Cytoplasmic Membrane Score: 0.0009
- Cell wall & surface Score: 0.8687
- Extracellular Score: 0.1299
- SignalP: no predicted signal peptide
- SP(Sec/SPI): 0.129844
- TAT(Tat/SPI): 0.135743
- LIPO(Sec/SPII): 0.017112
- predicted transmembrane helices (TMHMM): 1
⊟Accession numbers[edit | edit source]
- GI:
- RefSeq: CAR69548 NCBI
- UniProt:
⊟Protein sequence[edit | edit source]
- MTETVEDKVSHSITGLDILKGIVAAGTVISGTVATQTKVFTNESAVLEKTVEKTDALATNDTVVLGTISTSNSASSTSLSASESASTSASESASTSASTSASTSASESASTSASTSISASSTVVGSQTAAATEATAKKVEEDRKKPASDYVASVTNVNLQSYAKRRKRSVDSIEQLLASINAAVFSGNTIVNGAPAINASLNIAKSETKIYTGTGRDSFYNIPIYYKLTVTNDGSKLTFTYTVTYVDPITKTLGNLSRMSRGYSIYNTGTIYQTMLTLGKGLKTPSSVKNYITDKDGVQVQYYNMSTMTTQGSGYTWGNGAQMNGLFAKRGYGLTSSWTVPITGTDTSFTFTPYAAKTDKIRTNYFNSKGKIVESSTTSQSLSQSKSLSVSASQSASASESASTSASASASTSASTSASTSASTSASTSASTSASTSASTSASTSASTSASTSASTSASTSASTSASTSASTSASTSASTSASASASTSASESASTSASVSASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSTSASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASTSTSTSASTSASTSASTSASTSASTSASESASTSASTSASTSASASASISASESASTSASASASTSASASASISASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASVSASTSASESASTSASESASTSASASASTSASASASISASESASTSASASASTSASASASTSTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASISASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASTSASTSASTSASTSASTSASTSTSASASASTSASASVSASTSASESASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASVSASTSASESASTSASESASTSASASASTSASASASISASESASTSASASASTSASASASTSTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASISASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASTSASTSASTSASTSASTSASTSTSASASASTSASASVSASTSASESASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASVSASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASALTSASESASTSASASASTSASASASISASESASTSASASASTSASASASTSTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASISASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASTSASTSASTSASTSASTSASTSTSASASASTSASASVSASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASVSASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASVSASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASALTSASESASTSASASASTSASASASISASESASTSASASASTSASASASTSTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASISASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASTSASTSASTSASTSASTSASTSTSASASASTSASASVSASTSASESASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASVSASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASVSASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASALTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASTSASTSASASTSASASASTSASASASTSASVSASTSASASASTSASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASTSASTSASASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASESASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASESASTSASASASTSASESASTSASASASTSASESASTSASVSASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASTSASVSASTSASASASTSASESASTSASESASTSASASASTSASASASTSASVSASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASTSASESASTSASASASTSASESASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASVSASTSASESASTSASASALASTSASASASTSVSNSANHSNSQVGNTSGSTGKSQKELPNTGTESSIGSVLLGVLAAVTGIGLVAKRRKRDEEE
⊟Experimental data[edit | edit source]
- protein localization:
- interaction partners:
⊟Expression & Regulation[edit | edit source]
⊟Operon[edit | edit source]
⊟Regulation[edit | edit source]
- regulator:
⊟Expression data[edit | edit source]
- PneumoExpress for strain D39V:
⊟Biological Material[edit | edit source]
⊟Mutants[edit | edit source]
⊟Expression vector[edit | edit source]
⊟lacZ fusion[edit | edit source]
⊟GFP fusion[edit | edit source]
⊟two-hybrid system[edit | edit source]
⊟FLAG-tag construct[edit | edit source]
⊟Antibody[edit | edit source]
⊟Other Information[edit | edit source]
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