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PangenomeTIGR4
serotype 4
D39
serotype 2
D39V
serotype 2
Hungary19A-6
serotype 19A
EF3030
serotype 19F
670-6B
serotype 6B
6A-10
serotype 6A
70585
serotype 5
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serotype 19F
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serotype 3
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BM6001
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BVJ1JL
serotype 1
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serotype 14
G54
serotype 19F
HU-OH
serotype 3
Hu15
serotype 19A
Hu17
serotype 19A
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serotype 1
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serotype 3
ST556
serotype 19F
TCH8431/19A
serotype 19A
Taiwan19F-14
serotype 19F
Xen35
serotype 4
gamPNI0373
serotype 1

NCBI: 31-JAN-2014

⊟Summary[edit | edit source]

  • organism: Streptococcus pneumoniae Hungary19A-6
  • locus tag: SPH_1885 [new locus tag: SPH_RS12835 ]
  • pan locus tag?: PNEUPAN003231000
  • symbol: SPH_1885
  • pan gene symbol?: —
  • synonym:
  • product: cell wall surface anchor family protein

⊟Genome View[edit | edit source]

⊟Gene[edit | edit source]

⊟General[edit | edit source]

  • type: CDS
  • locus tag: SPH_1885 [new locus tag: SPH_RS12835 ]
  • symbol: SPH_1885
  • product: cell wall surface anchor family protein
  • replicon: chromosome
  • strand: -
  • coordinates: 1745650..1759947
  • length: 14298
  • essential: unknown

⊟Accession numbers[edit | edit source]

⊟Phenotype[edit | edit source]

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⊟DNA sequence[edit | edit source]

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    TCAACAAGTGCGTCAGCTTCAGCATCAACCAGTGCCTCAGCTTCGGCCTCAACAAGTGCG
    TCAGCTTCAGCAAGCACCAGTGCTTCGGCTTCAGCGTCGACAAGTGCGTCAGCCTCAGCA
    AGCACAAGCGCCTCAGCTTCAGCATCAACAAGTGCGTCGGCCTCAGCAAGTACAAGCGCC
    TCAGCCTCAGCAAGCACAAGTGCATCAGCCTCAGCAAGCACCAGTGCTTCAGCTTCAGCA
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    AGTGCGTCAGCCTCAGCATCGACAAGCGCCTCGGCTTCCGCAAGTACCAGTGCTTCGGCC
    TCAGCAAGTACCTCAGCGTCTGAATCGGCCTCAACAAGTGCGTCAGCCTCAGCAAGCACA
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    TCAGCAAGTACTAGTGCCTCGGCTTCAGTAAGTACCAGTGCTTCGGCTTCAGCAAGCACA
    AGTGCCTCAGTTTCAGCATCAACCAGTGCTTCGGCTTCAGCGTCAACGAGCGCCTCAGCT
    TCAGCAAGCACATCAGCTTCTGAATCTGCATCAACCAGTGCTTCAGCCTCAGCGTCGACA
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    TCAGCATCAACGAGTGCATCAGCTTCAGCATCAACAAGTGCATCAGCTTCAGCAAGTACC
    AGTGCGTCGGCTTCAGCATCAACGAGTGCTTCAGTCTCAGCGTCAACCAGTGCCTCTGAA
    TCCGCATCAACAAGTGCCTCGGCTTCAGCAAGCACCAGTGCGTCGGCTTCAGCAAGTACT
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    AGCGCCTCAGCTTCAGCAAGTACCAGTGCGTCAGCCTCAGCAAGTACCAGTGCTTCAGCC
    TCAGCATCAACAAGTGCATCAGCTTCAGCAAGCACCAGTGCGTCGGCCTCAGCAAGCACC
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    TCAGCGTCAACCAGTGCATCAGTCTCAGCAAGCACCAGTGCGTCGGCTTCAGCAAGTACT
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    TCAGCCTCAGCATCAACGAGTGCGTCAGCTTCAGCATCAACAAGTGCGTCAGCTTCAGCA
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    AGCGCCTCAGCCTCAACCAGTGCCTCAGCCTCAGCAAGTACCTCAGCGTCTGAATCAGCA
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    TCAACCAGTGCCTCTGAATCCGCATCAACCAGTGCCTCGGCTTCAGCAAGCACCAGTGCG
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    AGTGCGTCAGCTTCAGCATCAACGAGTGCGTCAGCTTTAGCATCAACGAGTGCCTCTGAA
    TCGGCATCAACAAGTGCTTCAGCCTCAGCATCGACAAGCGCCTCAGCCTCAGCATCGACA
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    TCAGCATCAACAAGTGCATCAGCTTCAGCAAGCACCAGTGCGTCGGCCTCAGCAAGTACC
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    TCCGCATCAACGAGTGCATCAGCTTCTGAATCGGCCTCAACAAGTGCCTCGGCCTCAGCA
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    TCGGCTTCAGCAAGTACTAGCGCCTCAGCCTCAGCATCAACCAGTGCGTCAGCTTCAGCA
    AGTACATCAGTTTCAAATTCAGCAAACCATTCGAACTCACAAGTTGGAAATGCTTCTGGA
    TCGACAGGTAAATCCCAAAAAGAATTGCCTAATACAGGTACTGAGTCGTCAATTGGATCT
    GTGTTACTTGGAGTTCTAGCAGCTGTTACAGGTATTGGATTGGTTGCGAAACGCCGTAAA
    CGTGATGAAGAAGAGTAA
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⊟Protein[edit | edit source]

⊟General[edit | edit source]

  • locus tag: SPH_1885 [new locus tag: SPH_RS12835 ]
  • symbol: SPH_1885
  • description: cell wall surface anchor family protein
  • length: 4765
  • theoretical pI: 3.8862
  • theoretical MW: 410990
  • GRAVY: 0.0522141

⊟Function[edit | edit source]

  • TIGRFAM:
    serine-rich repeat adhesion glycoprotein (TIGR04224; HMM-score: 36.7)
    Cell structure Cell envelope Other LPXTG cell wall anchor domain (TIGR01167; HMM-score: 30.6)
  • TheSEED:
  • PFAM:
    no clan defined Gram_pos_anchor; LPXTG cell wall anchor motif (PF00746; HMM-score: 50.1)

⊟Structure, modifications & cofactors[edit | edit source]

  • domains:
  • modifications:
  • cofactors:
  • effectors:

⊟Localization[edit | edit source]

  • PSORTb: Cellwall
    • Cytoplasmic Score: 0.01
    • Cytoplasmic Membrane Score: 0.01
    • Cellwall Score: 9.97
    • Extracellular Score: 0.01
    • Internal Helices: 2
  • DeepLocPro: Cell wall & surface
    • Cytoplasmic Score: 0.0019
    • Cytoplasmic Membrane Score: 0.0011
    • Cell wall & surface Score: 0.9032
    • Extracellular Score: 0.0939
  • SignalP: no predicted signal peptide
    • SP(Sec/SPI): 0.134314
    • TAT(Tat/SPI): 0.129756
    • LIPO(Sec/SPII): 0.01649
  • predicted transmembrane helices (TMHMM): 1

⊟Accession numbers[edit | edit source]

⊟Protein sequence[edit | edit source]

  • MTETVEDKVSHSITGLDILKGIVAAGTVISGTVATQTKVFTNESAVLEKTVEKTDALATNGTVVLGTISTSNSASSTSLSASESASTSASESASTSASTSASTSASESASTSASTSISASSTVVGSQTAAATEATAKKVEEDRKKPASDYAASVTNVNLQSYAKRRKRSVDSIEQLLASIKAAVFSGNTIVNGAPVINASLNIAKSETKVYTGKGVDSVYNVPIYYQLKVTNDGSKLTFTYTVTYVNPNTRALENLSRMSYRYSIYNAGTSTQTMLTLGRGLGKPSVVKNYITDKDGRQVRYYNTSTMTKRGSGYTWANGAQMNGWYAKKEYGLTSSWTVPITGTDTSFTFTPYAAKTDRIGINYFKGRGKVVESSTTSQSLSQSKSLSVSASQSASASASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASVSTSASASASTSASVSASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASVSASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASTSASVSASTSASESASTSASASASTSASDSASTSASASASTSASASASTSASVSASTSASASASTSASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSTSASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASVSASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASVSTSASASASTSASVSASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASVSASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASVSASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASVSASTSASESASTSASASASTSASESASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASDSASTSASASASTSASASASTSASVSASTSASASASTSASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSTSASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASVSASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASVSTSASASASTSASVSASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASVSASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASTSASVSASTSASESASTSASASASTSASESASTSASVSASTSASESASTSASASASTSASDSASTSASASASTSASASASTSASVSASTSASASASTSASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASVSASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASVSTSASASASTSASVSASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASVSASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSTSASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASVSASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASVSTSASASASTSASVSASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASVSASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASVSASTSASESASTSASASASTSASESASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASDSASTSASASASTSASASASTSASVSASTSASASASTSASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSTSASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASVSASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASVSTSASASASTSASVSASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASVSASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASALASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSVSASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSVSNSANHSNSQVGNASGSTGKSQKELPNTGTESSIGSVLLGVLAAVTGIGLVAKRRKRDEEE

⊟Experimental data[edit | edit source]

  • protein localization:
  • interaction partners:

⊟Expression & Regulation[edit | edit source]

⊟Operon[edit | edit source]

⊟Regulation[edit | edit source]

  • regulator:

⊟Transcription[edit | edit source]

  • transcription start site:

⊟Expression data[edit | edit source]

  • PneumoExpress for strain D39V:

⊟Biological Material[edit | edit source]

⊟Mutants[edit | edit source]

⊟Expression vector[edit | edit source]

⊟lacZ fusion[edit | edit source]

⊟GFP fusion[edit | edit source]

⊟two-hybrid system[edit | edit source]

⊟FLAG-tag construct[edit | edit source]

⊟Antibody[edit | edit source]

⊟Other Information[edit | edit source]

You can add further information about the gene and protein here. [edit]

⊟Literature[edit | edit source]

⊟References[edit | edit source]

⊟Relevant publications[edit | edit source]

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