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PangenomeTIGR4
serotype 4
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D39Vserotype 2
Hungary19A-6serotype 19A
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Xen35serotype 4
gamPNI0373serotype 1
NCBI: 24-APR-2025
⊟Summary[edit | edit source]
- organism: Streptococcus pneumoniae Hungary19A-6
- locus tag: SPH_RS12835 [old locus tag: SPH_1885 ]
- pan locus tag?: PNEUPAN003231000
- symbol: SPH_RS12835
- pan gene symbol?: —
- synonym:
- product: accessory Sec-dependent serine-rich glycoprotein adhesin
⊟Genome View[edit | edit source]
⊟Gene[edit | edit source]
⊟General[edit | edit source]
- type: CDS
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⊟Accession numbers[edit | edit source]
⊟Phenotype[edit | edit source]
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⊟DNA sequence[edit | edit source]
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GCCTCAGCGTCAACCAGTGCCTCTGAATCGGCATCAACCAGTGCTTCAGCCTCAGCGTCG
ACAAGTGCGTCAGCTTCAGCATCAACAAGTGCGTCAGCTTCAGCATCAACCAGTGCCTCA
GCTTCGGCCTCAACAAGTGCGTCAGCTTCAGCAAGCACCAGTGCTTCGGCTTCAGCGTCG
ACAAGTGCGTCAGCCTCAGCAAGCACAAGCGCCTCAGCTTCAGCATCAACAAGTGCGTCG
GCCTCAGCAAGTACAAGCGCCTCAGCCTCAGCAAGCACAAGTGCATCAGCCTCAGCAAGC
ACCAGTGCTTCAGCTTCAGCAAGCACCTCAGCGTCTGAGTCAGCCTCAGCAAGCACATCA
GCTTCTGAATCTGCCTCAACAAGTGCGTCAGCCTCAGCATCGACAAGCGCCTCGGCTTCC
GCAAGTACCAGTGCTTCGGCCTCAGCAAGTACCTCAGCGTCTGAATCGGCCTCAACAAGT
GCGTCAGCCTCAGCAAGCACATCAGCTTCTGAATCGGCATCGACAAGTGCGTCAGCTTCA
GCGTCAACCAGTGCGTCGGCCTCAGCAAGTACTAGTGCCTCGGCTTCAGTAAGTACCAGT
GCTTCGGCTTCAGCAAGCACAAGTGCCTCAGTTTCAGCATCAACCAGTGCTTCGGCTTCA
GCGTCAACGAGCGCCTCAGCTTCAGCAAGCACATCAGCTTCTGAATCTGCATCAACCAGT
GCTTCAGCCTCAGCGTCGACAAGTGCTTCGGCTTCAGCAAGTACCTCAGCGTCTGAATCA
GCATCAACAAGTGCATCGGCTTCAGCATCAACGAGTGCATCAGCTTCAGCATCAACAAGT
GCATCAGCTTCAGCAAGTACCAGTGCGTCGGCTTCAGCATCAACGAGTGCTTCAGTCTCA
GCGTCAACCAGTGCCTCTGAATCCGCATCAACAAGTGCCTCGGCTTCAGCAAGCACCAGT
GCGTCGGCTTCAGCAAGTACTAGTGCTTCAGCTTCAGCAAGTACTAGCGCCTCAGCATCA
GCGTCAACAAGTGCTTCGGCTTCAGCGTCAACGAGTGCGTCTGAGTCAGCATCAACGAGT
GCGTCAGCCTCAGCAAGTACTAGTGCATCAGCTTCAGCATCAACGAGTGCATCGGCTTCA
GCGTCAACCAGTGCATCAGAGTCAGCAAGTACCAGTGCGTCAGCTTCCGCATCAACAAGT
GCATCGGCTTCAGCAAGCACCAGTGCGTCGGCTTCAGCAAGTACTAGCGCCTCAGCTTCA
GCAAGCACAAGCGCCTCAGCTTCAGCATCAACGAGTGCGTCAGCTTCAGCATCAACGAGT
GCGTCAGCTTTAGCATCAACGAGTGCCTCTGAATCGGCATCAACAAGTGCTTCAGCCTCA
GCATCGACAAGCGCCTCAGCCTCAGCATCGACAAGTGCCTCGGCTTCAGCATCAACGAGT
GCTTCGGCTTCAGCATCGACAAGCGCTTCAGCCTCAGCATCAACAAGTGCATCAGCTTCA
GCAAGCACCAGTGCGTCGGCCTCAGCAAGTACCAGTGCCTCAGCTTCGGCATCAACCAGC
GCCTCGGCCTCAGCAAGCACCTCAGCATCTGAATCCGCATCAACGAGTGCATCAGCTTCT
GAATCGGCCTCAACAAGTGCCTCGGCCTCAGCAAGCACAAGCGCCTCAGCCTCAGCATCA
ACAAGTGCATCAGCTTCCGCATCAACGAGTGCTTCGGCTTCAGCCTCAACGAGTGCCTCA
GCTTCAGCGTCAACCAGTGCTTCGGCCTCAGCATCGACAAGTGTCTCAGCTTCAGCAAGT
ACTAGCGCCTCAGCCTCAGCATCAACAAGTGCCTCGGCTTCAGCAAGTACTAGCGCCTCA
GCCTCAGCATCAACCAGTGCGTCAGCTTCAGCAAGTACATCAGTTTCAAATTCAGCAAAC
CATTCGAACTCACAAGTTGGAAATGCTTCTGGATCGACAGGTAAATCCCAAAAAGAATTG
CCTAATACAGGTACTGAGTCGTCAATTGGATCTGTGTTACTTGGAGTTCTAGCAGCTGTT
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14451
⊟Protein[edit | edit source]
⊟General[edit | edit source]
- locus tag: SPH_RS12835 [old locus tag: SPH_1885 ]
- symbol: SPH_RS12835
- description: accessory Sec-dependent serine-rich glycoprotein adhesin
- length: 4816
- theoretical pI: 4.04038
- theoretical MW: 417021
- GRAVY: 0.0459925
⊟Function[edit | edit source]
- TIGRFAM: serine-rich repeat adhesion glycoprotein (TIGR04224; HMM-score: 67.9)and 2 moreCell envelope Other LPXTG cell wall anchor domain (TIGR01167; HMM-score: 30.5)KxYKxGKxW signal peptide (TIGR03715; HMM-score: 28.8)
- TheSEED:
- PFAM: no clan defined Gram_pos_anchor; LPXTG cell wall anchor motif (PF00746; HMM-score: 50)and 1 moreKxYKxGKxW_sig; KxYKxGKxW signal peptide (PF19258; HMM-score: 34.6)
⊟Structure, modifications & cofactors[edit | edit source]
- domains:
- modifications:
- cofactors:
- effectors:
⊟Localization[edit | edit source]
- PSORTb: Cellwall
- Cytoplasmic Score: 0.01
- Cytoplasmic Membrane Score: 0.01
- Cellwall Score: 9.97
- Extracellular Score: 0.01
- Internal Helices: 2
- DeepLocPro: Cell wall & surface
- Cytoplasmic Score: 0.0017
- Cytoplasmic Membrane Score: 0.0017
- Cell wall & surface Score: 0.9111
- Extracellular Score: 0.0854
- SignalP: no predicted signal peptide
- SP(Sec/SPI): 0.033294
- TAT(Tat/SPI): 0.007117
- LIPO(Sec/SPII): 0.002847
- predicted transmembrane helices (TMHMM): 1
⊟Accession numbers[edit | edit source]
⊟Protein sequence[edit | edit source]
- MFFRRQKGEYRETDRVTRFKLIKSGKHWLRASTSLFGLFKVLRGGVDTTQVMTETVEDKVSHSITGLDILKGIVAAGTVISGTVATQTKVFTNESAVLEKTVEKTDALATNGTVVLGTISTSNSASSTSLSASESASTSASESASTSASTSASTSASESASTSASTSISASSTVVGSQTAAATEATAKKVEEDRKKPASDYAASVTNVNLQSYAKRRKRSVDSIEQLLASIKAAVFSGNTIVNGAPVINASLNIAKSETKVYTGKGVDSVYNVPIYYQLKVTNDGSKLTFTYTVTYVNPNTRALENLSRMSYRYSIYNAGTSTQTMLTLGRGLGKPSVVKNYITDKDGRQVRYYNTSTMTKRGSGYTWANGAQMNGWYAKKEYGLTSSWTVPITGTDTSFTFTPYAAKTDRIGINYFKGRGKVVESSTTSQSLSQSKSLSVSASQSASASASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASVSTSASASASTSASVSASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASVSASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASTSASVSASTSASESASTSASASASTSASDSASTSASASASTSASASASTSASVSASTSASASASTSASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSTSASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASVSASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASVSTSASASASTSASVSASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASVSASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASVSASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASVSASTSASESASTSASASASTSASESASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASDSASTSASASASTSASASASTSASVSASTSASASASTSASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSTSASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASVSASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASVSTSASASASTSASVSASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASVSASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASTSASVSASTSASESASTSASASASTSASESASTSASVSASTSASESASTSASASASTSASDSASTSASASASTSASASASTSASVSASTSASASASTSASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASVSASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASVSTSASASASTSASVSASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASVSASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSTSASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASVSASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASVSTSASASASTSASVSASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASVSASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASVSASTSASESASTSASASASTSASESASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASDSASTSASASASTSASASASTSASVSASTSASASASTSASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSTSASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASVSASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASVSTSASASASTSASVSASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASVSASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASALASTSASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASESASTSASASESASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSVSASASTSASASASTSASASASTSASASASTSASASASTSVSNSANHSNSQVGNASGSTGKSQKELPNTGTESSIGSVLLGVLAAVTGIGLVAKRRKRDEEE
⊟Experimental data[edit | edit source]
- protein localization:
- interaction partners:
⊟Expression & Regulation[edit | edit source]
⊟Operon[edit | edit source]
- MicrobesOnline: no polycistronic organisation predicted
⊟Regulation[edit | edit source]
- regulator:
⊟Transcription[edit | edit source]
- transcription start site:
⊟Expression data[edit | edit source]
- PneumoExpress for strain D39V:
⊟Biological Material[edit | edit source]
⊟Mutants[edit | edit source]
⊟Expression vector[edit | edit source]
⊟lacZ fusion[edit | edit source]
⊟GFP fusion[edit | edit source]
⊟two-hybrid system[edit | edit source]
⊟FLAG-tag construct[edit | edit source]
⊟Antibody[edit | edit source]
⊟Other Information[edit | edit source]
You can add further information about the gene and protein here. [edit]